청(淸) 말기 제국주의 세력이 상하이에 조계지를 설정했던 1905년 프랑스교회계인 전단(震旦)학원의 마시앙보(马相伯) 같은 교사와 학생 일부가 분리하여 설립한 '푸단공학(復旦公學)'으로 개교하였다. ‘푸단’은 고대 <상서대전 尙書大傳>에 나오는 ‘日月光華, 旦復 旦兮(해와 달은 밝게 빛나고 아침이 지나면 또 다른 아침이 찾아온다)’에서 따온 말로, 자신을 끊임없이 연마하여 새로운 중국을 건설해야 한다는 의미를 담았다.
2000년 4월 중국인 최초의 의학교육기관인 상하이의과대학(1927)을 합병하여 처음으로 의과대학을 두게 되었다.
2010년 기준 경제•법학•언론•수학•생명과학•정보공학 등의 17개 학원(66개 학과)과 4개의 독립 학과(물리, 화학, 고분자학, 공학)가 있다. 또한 70개 학부과정, 225개의 석사과정, 178개의 박사과정을 제공한다. 인문, 사회과학, 의학, 물리 부문의 명성이 높다. 상하이 도심에 4개 캠퍼스가 있다. 부설시설로는 수학연구소, 현대물리연구소, 전광원(電光源)연구소, 유전학연구소, 세계경제연구소, 역사지리연구소 등이 있다.
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