3. 우대세율 처리
합병후 기업 및 그 영업기구는 실제 생산경영정황에 근거하고 세법 및 실시세칙과 유관규정에 따라 관련 지역 또는 업종에 따른 우대세율을 확정하며, 상응하는 과세소득을 구분경리하여 납세액을 계산한다.
4. 합병전 결손 처리
합병전 각 기업의 이월결손금은 세법상 공제가능기한 내에 합병후 기업이 계속 과세소득에서 공제할 수 있다. 합병후 기업이 서로 다른 세율을 적용하는 지역에 영업기구를 설립했거나 서로 다른 정기감면세기한을 적용하는 생산성 경영업무를 겸하고 있을 경우 상응하는 과세소득을 따로 계산하여야 한다. 합병전 기업의 상기 경영결손은 당해 합병전 기업과 같은 세수대우를 받는 소득액을 벌충하여야 하며 구체적인 내용은 외상투자기업및외국기업소득세법 실시세칙 제91조 제2항의 규정에 따른다.
5. 과세소득 분할계산(구분경리)
적용세율이 다른 업무를 영위하거나 또는 정기감면세기한의 남은 연한이 서로 다른 기업이 합병하고 합병후 기업이 총 과세소득을 분할하여 다르게 세무처리해야 할 경우에는 외상투자기업및외국기업소득세법 실시세칙 제91조, 제92조, 제93조의 규정에 따라 하기의 방법으로 그 과세소득을 구분계산한다.
1)실제기준
합병전 기업이 합병후에 계속 상응하는 영업기구를 설치하고 합병전에 운영하던 생산경영업무를 계속 운영하며 합병후 기업이 장부를 분할설립하고 당해 영업기구의 과세소득을 정확하고 합리적으로 계산할 수 있는 경우 실제기준으로 각 영업기구의 과세소득을 분할계산할 수 있다.
2)비율기준
합병전 기업이 합병후에 계속 상응하는 영업기구를 설치하지 않았거나 상응한 영업기구를 설립하였지만 주관세무기관에 의해 합병후 기업이 각 영업기구의 과세소득을 정확하고 합리적으로 분할계산할 수 없다고 인정될 경우에는 각 영업기구나 각 업무 간의 연도 영업수입비례, 원가와 비용비례, 자산비례, 종업원수 또는 임금비례 중의 한가지 비율 또는 여러가지 비율의 평균비율에 따라 그 해당연도의 과세소득을 분할계산할 수 있다. 합병후 연도와 관련한 상기 비율을 확정하기 어려운 경우에는 합병전 최종 완전납세연도 또는 기타 합리적인 기간의 비율에 따라 확정할 수 있다.
▶ 자기주식
한 회사가 합병전 이미 출자지분의 일부를 보유하고 있는 다른 회사를 흡수합병하는 경우 자기주식이 발생하게 된다.
실무상 심사비준기관은 합병과정에서 자본금 감소를 허용하지 않음에 따라 이러한 자기주식에 대해서는 합병회사의 외국투자자가 합병후 회사의 출자지분을 더 많이 가져가는 방식으로 정리해야 할 것이다.
또한 합병전에 합병회사가 보유중인 지분을 합병회사의 모회사 내지 피합병회사의 모회사에게 양도하여 합병회사의 피합병회사에 대한 출자지분을 없앤 후 합병을 추진할 수도 있을 것이다.